El sistema inmune se divide en un componente de respuesta adaptativa y otro componente de respuesta innata, cada una representando papeles y funciones diferentes e importantes y que dependiendo de la exposición o del objetivo del sistema pueden interactuar en diferentes pasos para lograr una defensa efectiva, adecuada y no deletérea.

La respuesta inmune innata se basa en un sin número de receptores y proteínas secretadas que se codifican en las líneas germinales y las cuales tienen como función reconocer características comunes de la mayoría de los patógenos, como algunos componentes de membrana. En contraste la respuesta inmune adaptativa utiliza procesos más complejos basados en la reorganización genética celular para la producción de un amplio repertorio de receptores de antígeno que son capaces de reconocer moléculas de una forma más específica y crear memoria a dichos antígenos.

Sin embargo lo anterior no significa que la respuesta innata sea de menor importancia o menor efectividad, por el contrario esta respuesta es la primera línea de defensa y alteraciones en sus componentes predisponen a dichas personas a sufrir de infecciones más fácilmente. Adicionalmente cabe resaltar que la respuesta innata discrimina efectivamente las células propias del hospedero de aquellas  partículas patógenas, contribuyendo además de la primera línea de defensa un puente importante hacia la respuesta adaptativa.

Teniendo en cuenta lo anterior, es importante recordar que la respuesta frente a un nuevo patógeno tiene lugar en tres fases: cuando un patógeno es capaz de evitar las barreras anatómicas del hospedero (piel, mucosas, etc.) algunos mecanismos de respuesta innata inician su acción de una forma inmediata, esta primera línea de defensa incluye diversas proteínas solubles que se encuentran en la sangre, liquido extracelular, y secreciones epiteliales cuya función es intentar aniquilar el patógeno o atenuar su patogenicidad; así por ejemplo las enzimas antimicrobianas como las lisozimas lisan la pared celular de las bacterias, los péptidos antimicrobianos como las defensinas atacan las membranas celulares bacterianas directamente, y un sistema de proteínas plasmáticas conocidas como sistema del complemento atacan a los patógenos por lisis y por fagocitosis mediada a través de células de la respuesta innata como los macrófagos

En una segunda fase de la respuesta, estas células de respuesta innata censan la presencia de moléculas patógenas por reconocimiento de moléculas típicas de un microbio que no comparten las células del hospedero (patrones moleculares asociados a patógenos PAMPs), y se convierten en células activas montando diferentes para eliminar la infección. Solo si los microorganismos son capaces de evadir esta línea de defensas se debe montar una respuesta adaptativa o tercera fase que se basa en la expansión de linfocitos dirigidos a antígenos específicos del patógeno blanco y en la formación de células de memoria que proveen una inmunidad de larga duración y especifica. 

Es importante conocer estos mecanismos pues de esta forma la apreciación de los diferentes mecanismos fisiopatológicos de los microorganismos y la respuesta del organismo frente a estos, comprenden la base fundamental de diferentes tratamientos e intervenciones que se puedan realizar en los pacientes.